Les evenements se passe 7 ans aprés la destruction de Raccoon City et donc un an aprés la victoire de Léon sur Lord Saddler.La ville a été entierement reconstruite tout comme la société Umbrella maintenant dirigé par Albert Wesker qui aprés avoir récuperer l'échantillon de virus à Saddler a quitté son organisation pour reprendre lui meme les rennes d'Umbrella.Un nouveau virus a été créer le virus E donnant aux zombies l'intelligence et la capacités de reflexion.Saddler ayant survecu à son combat avec Léon a lui aussi repris ses anciennes activités toujours aux rennes du village Pueblo.Pendant les anciens membres de l'équipe des S.T.A.R.S ont reformés l'équipe afin d'empecher Umbrella de détruire Racoon tout en essayant de s'échapper de la ville redevenu chaotique tout comme sept ans auparavent.Chaque groupe a maintenant un but précis.Les S.T.A.R.S veulent à tout prix détreuire Umbrella et sauver Racoon City.Umbrella veut propager le virus et en creer de bouveaux plus puissants et faire devenir chaque zombie un TYRANT.Saddler veut se venger du gouvernement Américain et propager le plus possible le virus et ainsi rallier plus de monde à sa cause.Les agents du gouvernement quant à eux sont plus des espions qu'atres choses ils essayent de rcuperer le virus pour l'étudier et pouvoir en trouver un antidote tout en cherchant le rezsponsable de tout ça.Les zombies se font de plus en plus nombreux dans Racoon Cityla ville en est quasiment remplit e tle peu de surivvant restant vont devoir sortir en un seul morceaux de la ville